Сходство: обе связи образуются между поляризованным атомом водорода одной группы и электроотрицательным атомом другой группы.

Различие: внутримолекулярная связь существует внутри одной молекулы, а межмолекулярная — между двумя отдельными молекулами.

Примеры соединений с внутримолекулярными водородными связями: $2$-нитрофенол, белки, многоатомные спирты.