Было положено начало женскому среднему образованию появились женские гимназии. Однако по объёму знаний, даваемых в них, они уступали мужским гимназиям. Во все гимназии принимали детей «всех сословий, без различия звания и вероисповедания», правда, при этом устанавливалась высокая плата за обучение.

Реформа коснулась и высшего образования. В 1863 г. был утверждён новый устав для университетов, отменивший прежний (1835) и вернувший им самостоятельность в управлении автономию. Руководство университетом поручалось совету профессоров, который избирал ректора и деканов, утверждал учебные планы, решал финансовые и кадровые вопросы. В стране на этот момент действовало 7 университетов в Петербурге, Москве, Казани, Киеве, Харькове, Дерпте (Тарту), Варшаве.

В 1870-е гг. высшее образование в России стало доступным для женщин. Поскольку выпускницы гимназий не имели права поступать в университеты, для них были открыты Высшие женские курсы в Москве, Петербурге, Казани, Киеве. Женщин стали допускать и в университеты, но в качестве вольнослушателей. Однако, поскольку образование было платным, получить его могли немногие.