С момента открытия вирусов вопрос об их происхождении остается открытым. Некоторые относят их к живым организмам, ссылаясь на наличие у них такого свойства живого, как способность к размножению и передаче генетической информации из поколения в поколение. Другие же считают их неживыми, аргументируя тем, что вирусы не имеют клеточного строения, а ведь это главное, что отличает живое от неживого. Кроме того, вирусы не способны к росту и развитию, обмену веществ и, являясь внутриклеточными паразитами, могут существовать лишь в клетке-хозяина. Благодаря этому также можно сделать вывод, что вирусы не могли появиться раньше клеточных организмов. Есть три основные гипотезы происхождения вирусов. Согласно регрессивной гипотезе они появились в результате сильной дегенерации клеток и в ходе приспособления к паразитическому образу жизни утратили свое клеточное строение. Согласно гипотезе клеточного происхождения некоторые вирусы могли появиться из фрагментов ДНК или РНК, которые «высвободились» из генома более крупного организма. Гипотеза коэволюции вирусов предполагает, что вирусы и клетки появились почти одновременно и эволюционировали совместно.